Gli antibiotici ai quali più facilmente s’instaurano resistenze sono risultati essere i betalattamici e i fluorochinoloni. I meccanismi di resistenza s’instaurano soprattutto a causa di mutazioni che intervengono nei geni del batterio. Questi geni con il tempo possono diventare inattivi e quindi le resistenze tendono ad attenuarsi. Questo significa che Pseudomonas può dimostrare resistenza a un antibiotico, in seguito può perdere questa caratteristica e tornare sensibile all’antibiotico verso cui l’aveva sviluppata.
Le mutazioni genetiche capaci di indurre resistenze sono risultate essere numerose; questo ha reso difficile stabilire correlazioni certe con le dosi di antibiotici fatti e lo stato clinico dei malati.
Inoltre, poiché la tendenza terapeutica più recente è quella di trattare Pseudomonas aeruginosa alla prima comparsa, allo scopo di ottenerne l’eradicazione, si è voluto studiare anche un gruppo di pazienti sottoposti a trattamento antibiotico eradicante. Il risultato è che non sono emersa una correlazione fra questo tipo di trattamento e l’emergenza di resistenze, nè quando viene somministrato un singolo trattamento eradicante nè quando ne sono somministrati più di uno.