La composizione del microbiota è stata studiata utilizzando metodi coltura-dipendenti, tra cui l’analisi dei batteri anaerobi, e tecniche molecolari coltura-indipendenti mediante la tecnica di fingerprinting Terminal Restriction Fragment Lenght Polymorphism (T-RFLP).I risultati ottenuti suggeriscono che nei pazienti con grave peggioramento funzionale che non rispondono ai comuni antibiotici sono in causa, oltre a Pseudomonas aeruginosa, altri batteri abitualmente non identificati , che abitualmente sfuggono alle comuni indagini (Rothia mucilaginosa, Streptococcus pneumoniae, Prevotella melaninogenica); inoltre il fungo Candida albicans. Attraverso T-RFLP le specie di batteri sono state classificate come Proteobacteria, Actinobacteria e Bacteroides. L’omogeneità della composizione batterica è risultata più bassa nei pazienti che non rispondono alle terapie rispetto agli altri, suggerendo che un’alterata composizione della comunità batterica può essere correlata al declino della funzione polmonare. Per identificare con maggior precisione i componenti della comunità occorrono analisi fini delle caratteristiche genetiche dei batteri (metabarcoding e metagenomica). I loro risultati potranno fornire nuovi biomarcatori della funzione polmonare e della risposta alla terapia.
Microbiota composition was investigated by using culture-based methods, including anaerobic cultivation and Terminal Restriction Fragment Lenght Polymorphism(T-RLFP) analysis . New emerging pathogens associated with a rapid decline of lung function were identified. Deep investigation of the genetic diversity of airway bacterial communities by metabarcoding and metagenomics approaches could indeed provide new biomarkers for lung function and response to therapy.
