Un gruppo selezionato di pazienti sono stati sottoposti a brushing nasale, fornendo le cellule epiteliali da cui è stato estratto l’RNAm. RNAm è stato amplificato e sequenziato in modo da identificare il trascritto della proteina CFTR e diagnosticare se normale o mutata. È stata usata anche una nuova tecnologia avanzata (sequenziamento di nuova generazione = next generation sequencing o NGS). 24 pazienti FC sono stati studiati con questa modalità e, in aggiunta, con una procedura dedicata di analisi bioinformatica dei dati, in collaborazione con lo Yale Genome Center (USA). Oltre al gene CFTR sono stati studiati 3 geni codificanti per il canale del sodio ENaC (SCNN1A, SCNN1B, SCNN1G). Si è arrivati alla diagnosi genetica completa con identificazione di entrambe le mutazioni in causa per 9 pazienti. 5 pazienti sono risultati privi di mutazioni nei 4 geni analizzati, suggerendo la possibile esistenza di un altro gene responsabile della patologia. Il progetto ha fornito informazioni sulla fattibilità tecnico-economica dell’approccio NGS, consentendo l’identificazione di nuove mutazioni sfuggite all’analisi genetica convenzionale. Questo apre prospettive di miglioramento nella diagnosi genetica della malattia.
RNA extraction was performed from nasal brushing. Search for defects impacting CFTR mRNA processing was performed by RT-PCR analysis and sequencing., Targeted NGS of the CFTR locus was performed in outsourcing Yale Genome Center (USA), whereas data analysis was performed at home. NGS experiments were carried out in 24 carefully-selected CF patients, building up a bioinformatic pipeline for data analysis. We were able to completely diagnose 9 patients, whereas 5 probands did not show any mutation in any of the analyzed genes (CFTR and ENaC -SCNN1A, SCNN1B, SCNN1G), suggesting the possible existence of an additional locus for CF .The project gave important clues on the technical and economical feasibility on the NGS approach for CFTR screening, also leading to the identification of mutation escaped during the traditional molecular screening and hence improving the CF molecular diagnosis.
