I pazienti con un differente grado di severità della malattia polmonare presentano un microbioma (intera comunità microbica delle vie aeree) con differente composizione dei geni correlati all’antibioticoresistenza e alla virulenza. Per lo studio di questi geni è stata usata una tecnica particolare (pirosequenziamento del DNA) che, in combinazione con l’analisi bioinformatica dei dati, ha permesso ai ricercatori di individuare anche microorganismi sconosciuti. L’identificazione di questi microrganismi può portare ad allestire nuovi test per i laboratori clinici al fine di distinguere, attraverso l’evoluzione microbiologica, i pazienti ad alto o basso rischio di peggioramento della funzionalità polmonare. Si tratta di un’opportunità importante verso l’obiettivo finale di una terapia personalizzata basata su una maggiore conoscenza del microbioma.
Results indicate that the severity of CF lung disease is associated with an imbalanced presence of antibiotic resistance genes and with differential abundance of genes involved in metabolic pathways putatively correlated with bacterial virulence. Sputum samples from CF patients were characterized by a pyrosequencing approach, to assess how lung microbiota composition changes following a severe decline in lung function. Patients with a substantial decline in their lung function and patients with a stable lung function showed a different bacterial composition, with the first group of patients reporting a more heterogeneous community of microbiota. Pseudomonas was the dominant genus followed by Staphylococcus and Prevotella. The authors also found the presence of the unusual anaerobic genus Sneathia. The ability to analyze the entire lung microbiome and identify biomarkers can lead to personalized medicine based on the microbiome.
