Federico Giannoni consegue la laurea in Biologia all’Università La Sapienza di Roma nel 1988. Ottiene l’abilitazione alla docenza nel 1989 e svolge ricerca per un anno presso l’Istituto Nazionale della Nutrizione di Roma per poi ricoprire una posizione di ricercatore associato al Dipartimento di Medicina, sezione Gastroenterologia dell’Università di Chicago dal 1991 al 1994. Trascorre poi un anno nel Laboratorio di Genetica Molecolare all’Ecole Normale Superieure di Parigi. Tra il 1997 e il 1999 svolge il programma di dottorato all’Imperial College of Science, Technology and Medicine dell’University of London (UCL) e, contemporaneamente, rientra in Italia come ricercatore all’Istituto di Parassitologia dell’Università La Sapienza, dove rimane fino al 2000, anno in cui entra a far parte del Dipartimento di Malattie Infettive all’Istituto Superiore di Sanità, dove tuttora lavora.
