Vorrei sapere quali sono le tecniche di diagnostica biotecnologica usate per le infezioni del tratto respiratorio, in particolare per Pseudomonas aeruginosa.
Immaginiamo che la domanda si riferisca alle tecniche di identificazione batterica basate sullo studio del DNA batterico. Identificazione batterica significa individuazione della specie cui appartiene un determinato batterio causa di infezione.
Ricordiamo molto succintamente i principali approcci adottati per i batteri responsabili di infezione.
– Esame batterioscopico: è l’esame diretto al microscopio dei batteri presenti sul materiale che si intende indagare, ad esempio lo sputo in una infezione respiratoria. Il materiale strisciato su vetrino può essere anche colorato in modo da differenziare alcuni batteri. Un tempo era l’unico esame praticato, ma esso dà informazioni molto grossolane e oggi di scarso valore pratico, salvo alcune eccezioni.
– Esame colturale: il materiale in esame viene “seminato” in speciali terreni di coltura, adatti a sviluppare genericamente o selettivamente batteri. Dal tipo di terreno usato si possono differenziare alcune categorie di batteri, che formano caratteristiche colonie. La coltura permette anche di fare un conteggio, cioè determinare la concentrazione dei batteri presenti nel materiale in esame
– Coltura con analisi biochimiche: è oggi la tecnica più usata. Si sfrutta la capacità specifica dei batteri di sviluppare alcune reazioni biochimiche tramite gli enzimi di cui dispongono. Quella determinata reazione caratterizza una famiglia o una specie batterica. L’analisi biochimica viene fatta in genere dopo nuova semina su terreni specifici di colonie prelevate dalla coltura primaria.
– Coltura con analisi molecolare genetica: sui batteri sviluppati in coltura si usano delle “sonde di DNA”, cioè si va a testare alcune particolarità del DNA del batterio sviluppato, che ne definiscono l’appartenenza a una determinata specie: le specie batteriche si differenziano infatti tra loro per peculiari caratteristiche genetiche. All’interno del complesso Burkholderia cepacia questa è la tecnica che permette di distinguere diverse specie (o genomovar) di B. cepacia. All’interno della singola specie si può, sempre con specifiche sonde DNA, identificare un singolo ceppo (una specie di impronta digitale che è peculiare di quel ceppo): questa tecnica è utile per conoscere se un determinato ceppo batterico si diffonde da una persona ad un’altra o nell’ambiente. E’ un approccio utilizzato ad esempio per controllare la eventuale disseminazione di Pseudomonas aeruginosa o di Staphylococcus aureus negli ambienti ospedalieri.
– Analisi genetica molecolare diretta su materiale biologico. E’ un approccio che si basa sempre sull’analisi del genoma batterico (identificazione di una particolare caratteristica di un gene del batterio) ma fatta direttamente, senza coltura, sul materiale da esaminare. E’ una analisi che ha il vantaggio della rapidità ma si presta ad errori ed imprecisioni: essa non viene abitualmente impiegata per le infezioni respiratorie in fibrosi cistica.
Se la nostra interlocutrice avesse bisogno di più specifici approfondimenti può farcene gentile richiesta.
