A gennaio 2015 è nata la mia prima figlia e con lo screening neonatale abbiamo scoperto essere portatrice sana di una mutazione del gene CFTR. Abbiamo fatto una indagine di primo livello che cercava circa 80 mutazioni più comuni e abbiamo scoperto che mio marito era portatore della stessa mutazione di mia figlia. Così ho proseguito l’indagine solo io facendo un’analisi per la ricerca di di altre 300 mutazioni e anche queste sono risultate assenti. Per approfondire meglio ho fatto l’analisi dell’intero gene CFTR con il metodo Next Generation Sequencing (NGS), presso il laboratorio “Genoma” di Roma. Il risultato è questo: “genotipo IVS8 polyT: 7T/9T; genotipo IVS8 polyTG: 10TG/11TG; non è stata riscontrata alcuna mutazione tra quelle investigate”.
So che ci sono mutazioni ancora sconosciute, ma quanto fatto finora è sufficiente per provare ad avere un secondo figlio quanto più tranquillamente? O posso fare ancora altro? Che percentuale c’è che io sia portatrice di ulteriori mutazioni?
La tecnica NGS (Next Generation Sequencing) è oggi quella più avanzata per analizzare tutta la sequenza di basi azotate (composti chimici) che compongono il DNA di un gene. E’ chiamata anche tecnica di sequenziamento di seconda generazione, per distinguerla da quella precedente scoperta nel 1975 (per questo lo scienziato Frederick Sanger ricevette il premio Nobel). Il sequenziamento automatico secondo il metodo Sanger ha dominato nella scienza e nell’industria per almeno 20 anni e ha consentito il sequenziamento del genoma (insieme di tutti i geni) umano e la scoperta di oltre 2.500 malattie genetiche monogeniche. Con la Next Generation Sequencing (NGS) il principale vantaggio è la possibilità tecnica di produrre un volume enorme di dati a costi estremamente più bassi e in tempi estremamente più rapidi.
Per quanto riguarda la NGS applicata a tutto il gene CFTR, si può dire in generale che arriva a identificare una percentuale di mutazioni responsabili di malattia FC ben superiore a qualsiasi altra tecnica: circa il 94%. Però, anche nell’ambito della stessa NGS per CFTR, ci sono varie tecniche e kit (pannelli di mutazioni) che il laboratorio può usare: solo con alcuni di questi si cercano anche le mutazioni dette “da grandi riarrangiamenti” del gene. Se NGS include anche la ricerca di queste particolari mutazioni si può dire che la sua capacità di identificazione di mutazioni del gene CFTR sale intorno al 96%.
Il soggetto che è risultato negativo alla ricerca di mutazioni CFTR con un test che ha una capacità di identificazione di mutazioni (in termine tecnico detection rate, ovvero percentuale di identificazione) intorno al 96%, ha un rischio residuo di essere portatore molto basso, circa 1 su 500. La coppia formata da un portatore di mutazione del gene CFTR e un soggetto con rischio residuo di essere portatore di uno su 500, ha rischio di avere un figlio affetto da fibrosi cistica stimabile intorno a 1 su 2000. Ad oggi non esistono tecniche diagnostiche più avanzate che permettano maggiore precisione ed escludano al 100% il rischio di avere un bambino con FC. Nessun metodo commerciale permette oggi di identificare tutte le mutazioni del gene CFTR. La tecnica NGS offre la possibilità di un’accuratezza elevata (1); i motivi che si oppongono alla sua diffusione come test da utilizzare su larga scala per identificare i portatori sono il costo ancora estremamente elevato e il fatto che può identificare anche varianti del gene di cui si ignora il significato (innocenti o patogene?). Nel caso della domanda, le varianti del polimorfismo IVS8 polyT diagnosticate non hanno alcun significato patogeno, ma altre varianti invece possono averlo. E questo può creare problemi, invece che risolverli.
In conclusione, il nostro suggerimento è di chiedere al laboratorio stesso che ha eseguito il test che percentuale di identificazione di mutazioni CFTR raggiunge la tecnica usata. Questo ci permette di ricordare che comunque un laboratorio che sia disponibile a usare la tecnica NGS deve accompagnarla con la consulenza genetica di un genetista: è possibile che sia già stata fornita, comunque sottolineiamo che spetta al genetista commentare i risultati del test e le sue implicazioni.
1) Pagin A, Devos A, Figeac M, Truant M, Willoquaux C, Broly F, Lalau G. “Applicability and Efficiency of NGS in Routine Diagnosis: In-Depth Performance Analysis of a Complete Workflow for CFTR Mutation Analysis”. PLoS One. 2016Feb22;11(2):e0149426.doi:10.1371/journal.pone.0149426.eCollection
