Mi riferisco alla vostra risposta del 14 dicembre 2015 Trovata una sola mutazione stop (R1158X), con test sudore francamente positivo. Alla fine sta scritto: “Circa il fatto che il secondo step dell’esame genetico non abbia mostrato mutazioni aggiuntive non esclude che queste vi siano: ci sono infatti anche test di 3° livello (ricerca delle mutazioni di riarrangiamento) che possono riscontrare la seconda mutazione. E comunque anche il 3° livello non esclude al 100% la presenza di mutazioni CFTR, anche se vi si avvicina di molto.” Non riesco a capire bene cosa intendete. Comunque, la bambina ha 4 mesi e ha sufficienza pancreatica con valori 449, senza prendere nessun farmaco. Dal punto di vista respiratorio non ha presentato finora alcun problema.
Ci sembra di utilità generale chiarire i seguenti concetti:
– nonostante l’applicazione di analisi di primo e secondo livello, non si riesce a identificare la mutazione o le mutazioni presenti nel corredo genetico del 10% circa dei soggetti che sono stati diagnosticati come malati FC in base alla clinica. Questo vuol dire che, nonostante l’applicazione di analisi di primo e secondo livello, sfuggono ancora all’identificazione una certa quota di mutazioni.
– Il terzo livello di indagini è quello che mira a scoprire le mutazioni non identificate dalle indagini di primo e secondo livello: queste mutazioni sono talora il frutto di cambiamenti molto vasti e complessi nella sequenza del gene (riarrangiamenti genomici) e una tecnica per identificarle è stata messa a punto negli ultimi anni (è la tecnica detta QMPSF= quantitative Multiplex Polymerase Chain Reactions of Short Fluorescent Fragments). Si tratta di estese duplicazioni o delezioni o spostamenti di frammenti del gene CFTR, che danno origine a mutazioni rare (forse il 2% in Italia): per ragioni tecniche queste mutazioni rare (mutazioni da riarrangiamento) in genere sfuggono alle indagini considerate di II livello, perciò per diagnosticarle occorre quest’indagine speciale.
– Nessuna indagine genetica (di nessun livello) è in grado di diagnosticare con un’accuratezza del 100% la presenza o l’assenza di tutte le mutazioni possibili nel gene CFTR. Una volta fatti tutti e tre i livelli di indagine si può stimare che l’accuratezza (termine tecnico traducibile come grado di precisione) sia tra il 95-98%. (1) Questo succede in parte per problemi tecnici, in parte perché c’è sempre la possibilità che varianti del gene considerate fino a quel momento innocue si comportino in un particolare individuo, che ha caratteristiche cliniche tali da far porre diagnosi di fibrosi cistica, come mutazione fino a quel momento non conosciuta. Sulla bilancia degli elementi che portano alla diagnosi di malattia FC, il peso delle prove cliniche è sempre maggiore di quello delle indagini genetiche ed è la clinica che fa riconoscere quella variante come una vera mutazione.
– Bisogna anche dire che parlare di test genetici FC di I, II e III livello senza definirli con il loro nome tecnico può essere confondente; la stessa attribuzione di alcuni di essi a un livello invece che adun altro non è così rigida e universale, e un genetista e un laboratorio possono intendere un test in un modo e altri in maniera differente. La descrizione dei vari tipi di test e l’attribuzione ai diversi livelli si può trovare nella risposta citata sotto (2).
1) Trujillano D, Weiss ME, Köster J, Papachristos EB, Werber M, Kandaswamy KK, Marais A, Eichler S, Creed J, Baysal E, Jaber IY, Mehaney DA, Farra C, Rolfs A “Validation of a semiconductor next-generation sequencing assay for the clinical genetic screening of CFTR”. Mol Genet Genomic Med. 2015 Sep; 3(5):396-403. doi: 10.1002/mgg3.149. Epub 2015 Apr 16.
2) Test genetico FC: quando procedere con indagini di 2° e 3° livello, 17/10/2008
